新生儿食管气管瘘长期不治疗会呼吸困难 。治疗方法宜早行,根据情况,对瘘管进行修补、切除和/或食管重建,并进行短期胃造瘘。为了控制吸入性肺炎,应采取措施。虽然预后较好,但术后随访观察,部分病人可发生反复呼吸道感染,如合并食管下段括约肌关闭不全后逆蠕动等,应采用头部高位睡眠和喂食。