甲功五项和三项的区别一般是检查内容、临床意义等不同。甲状腺功能的三项包括促甲状腺激素、游离甲状腺素和游离三碘甲状腺原氨酸,五项甲状腺功能包括三项甲状腺功能加甲状腺过氧化物酶抗体和甲状腺球蛋白抗体。这三项甲状腺功能只能检测患者是否患有甲状腺功能亢进和甲状腺功能减退,这五项甲状腺功能还可以检测患者是否患有桥本甲状腺炎。