新生儿腹腔囊肿手术有一定的副作用，但具体也要根据个人情况而定，如果新生儿的体质比较好，一般副作用不大，但如果新生儿的体质比较差，可能会出现感染的情况，此时副作用比较大。
1、一般副作用不大
新生儿腹腔囊肿一般是由于先天性发育不良或者是后天因素所导致，通常是由于先天性发育不良所导致，也可能是由于后天因素所导致，比如炎症刺激、外伤等。如果新生儿的体质比较好，在腹腔囊肿手术后，一般不会出现副作用，因为腹腔囊肿手术属于微创手术，手术的创伤比较小，而且术后恢复也比较快。
2、可能会出现感染的情况
由于新生儿的免疫力比较低，如果新生儿在做完腹腔囊肿手术后，没有做好护理措施，可能会导致细菌入侵，从而引起感染的情况，此时可能会出现腹痛、腹胀、发热等副作用。建议家长在新生儿术后需要注意保持伤口清洁卫生，定期换药，以免出现感染的情况。
新生儿腹腔囊肿手术后，家长需要注意观察新生儿的身体情况，如果出现异常现象，建议及时就医治疗，以免延误病情。
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