复方血栓通胶囊不治疗飞蚊症。飞蚊症是一种眼部疾病,主要是由于玻璃体混浊导致的,而复方血栓通胶囊主要用于改善血液循环,促进微循环,对于玻璃体混浊没有直接的治疗作用。因此,复方血栓通胶囊不适用于治疗飞蚊症。如果出现飞蚊症的症状,建议咨询专业的眼科医生进行诊断和治疗。