社区获得性肺炎的病原菌有细菌、支原体、衣原体和病毒 。细菌,最常见的是革兰氏阳性菌,主要是肺炎链球菌、结核分枝杆菌、金黄色葡萄球菌、军团菌、卡塔莫拉菌、肺炎克雷伯菌等。其中,80%的社区获得性肺炎是单一病原体,20%的患者有两种或两种以上的病原体感染。病毒,一般包括甲型或乙型流感病毒、呼吸道合胞病毒和腺病毒,也是社区获得性肺炎的主要病毒病原体。