脑干脑炎的后遗症主要包括认知功能障碍、运动障碍、感觉障碍等，需要根据具体的后遗症进行治疗。
1、认知功能障碍
脑干脑炎可能会给大脑带来一定的损伤，容易出现认知功能障碍的情况，通常会表现为记忆力减退、计算能力下降等。患者可以遵医嘱使用阿昔洛韦注射液、更昔洛韦注射液等抗病毒的药物进行治疗，也可以使用甲钴胺片、维生素B1片等营养神经的药物进行治疗。
2、运动障碍
如果患者的病情比较严重，可能会导致肢体功能障碍，甚至会出现偏瘫的情况。患者可以在医生的指导下进行康复训练，也可以使用助行器来训练，能够提高生活自理能力。
3、感觉障碍
部分患者在发病期间可能会出现肢体麻木、疼痛等症状，还有可能会导致视力受到影响，出现视物模糊、视野缺损等症状。患者可以遵医嘱使用甲钴胺片、维生素B1片等营养神经的药物进行治疗，也可以通过针灸、按摩等方式来缓解。
除此之外，还有可能会导致肢体抽搐、癫痫发作、精神异常等，如果出现了明显的不适症状，应及时就诊，以免延误治疗的最佳时机。
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