粪菌移植手术通常需要2到3天的住院时间。手术操作过程相对简便,无论是经口的鼻空肠管插入还是经肛的肠镜操作,时长通常不会超过30分钟。灌肠过程也很快,通常几分钟就能完成。前期的筛选阶段由于涉及住院和必要的术前检查,因此较为耗时。治疗后,患者需要留院观察,因此总住院时间大约为两至三天。