40天吃药物流产通常能够流干净。40天时孕囊已经形成,此时使用药物流产一般可以达到较好的效果,使子宫蜕膜变性坏死、宫颈软化,促进子宫收缩,促使胚胎排出。但需注意观察阴道出血及腹痛情况,并按时复查,以确保流产彻底。如果患者有药物过敏史或妊娠合并症,则不建议使用药物流产,以免引起严重后果。药物流产后,应避免立即同房以防感染,并遵循医嘱服用抗生素和止血药物。