1.肠梗阻:是本病最常见的并发症,主要表现在增生性肠结核,溃疡性肠结核因邻近腹膜粘连,肠弯曲受牵拉,束缚和压迫,或因肠溃疡愈合和瘢痕收缩,可引起肠梗阻阻塞,梗阻多为慢性进行性,常为部分患者,不同程度,长时间延长,可严重。影响患者的营养状况,少数可以发展到完全肠梗阻。2.肠穿孔:肠梗阻的发生率是肠梗阻的第二位,主要是亚急性或慢性穿孔。它可以在腹腔形成脓肿。溃疡后形成肠瘘。急性穿孔很少见。它常发生在肠弯曲,梗阻附近极度扩张,或多发性肠道狭窄引起的闭塞性肠梗阻。溃疡性肠结核在肠弯曲周围有粘连,溃疡一般不会破裂。溃疡可以深入到自由腹腔内,但是当疾病迅速发展并且身体反应很差时,溃疡会导致急性穿孔。