巧克力囊肿手术可能会疏通输卵管，也可能不会疏通输卵管，需要根据患者的具体情况进行判断。
1、会
巧克力囊肿是异位的子宫内膜在卵巢内生长，随着月经周期而出血，形成的陈旧性积血囊肿。如果患者巧克力囊肿比较小，在手术时将囊肿切除，一般是可以疏通输卵管的，并不会对身体造成影响。
2、不会
如果患者巧克力囊肿比较大，则在手术时可能会将输卵管一同切除，这种情况下可能不会疏通输卵管。因为输卵管伞端比较游离，如果将输卵管切除，可能会对输卵管伞端造成影响，从而影响受精卵的运输和着床。
在手术后患者要注意多休息，避免过度劳累。同时也要保证足够的睡眠，避免长期熬夜，饮食上也要合理调整，避免吃辛辣刺激、生冷的食物，以免影响身体恢复。另外，还要注意个人卫生，保持局部清洁干燥，避免细菌滋生，引起感染。
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