巧克力囊肿手术以后比较容易复发。卵巢巧克力囊肿手术虽然可以切除囊肿 ,但不能完全切除异位内膜。术后仍有卵巢子宫内膜异位症的可能,只要卵巢功能正常,残留或新出现的异位子宫内膜仍可能有周期性出血,并继续形成囊肿。因此,卵巢巧克力囊肿术后容易复发,这在临床上比术后辅助药物治疗更能防止复发。