子宫腺肌症和巧克力囊肿的区别主要是部位不同、症状不同、治疗方法不同等。1、部位不同子宫腺肌症是指子宫内膜腺体和间质侵入到子宫肌层。而巧克力囊肿是指卵巢内黄体素水平失衡,导致卵巢组织受到刺激形成的囊肿。2、症状不同子宫腺肌症主要表现为月经量增多、经期延长、痛经等症状。而巧克力囊肿主要表现为月经异常、性交疼痛、不孕等症状。3、治疗方法不同子宫腺肌症患者可以在医生指导下使用达那唑胶囊、孕三烯酮胶囊等药物进行治疗。如果药物治疗效果不佳,患者可以在医生指导下采取手术治疗,比如病灶切除术、子宫内膜去除术等。巧克力囊肿患者可以遵医嘱服用布洛芬缓释胶囊、醋酸甲羟孕酮片等药物进行治疗,必要时可以通过手术进行治疗,比如腹腔镜手术、开腹手术等。除此之外,在日常生活中的区别也比较明显,建议患者多注意休息,避免过度劳累。