先天性脑裂畸形可通过手术等方法治疗 。主要是脑发育不良或蛛网膜囊肿，脑发育不良没有很好的治疗方法，主要是康复锻炼。蛛网膜囊肿，如果没有症状，可以继续观察。如果有症状，就需要手术治疗，主要是癫痫，发育迟滞或智力迟钝和精神障碍。可以看到头部一侧的软质肿块和局部骨缺损，在这种情况下，需要进行手术。
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