怀孕40天药物流产通常能流干净。怀孕40天时胚胎尚未形成,此时进行药物流产,通过药物作用使子宫收缩,促使胚胎组织排出,一般可以达到流干净的目的。但药物流产需在医生指导下进行,并需密切观察症状变化,如有异常应及时就医处理。怀孕40天药物流产后,患者需要定期复查以确保宫内情况良好。如果选择药物流产,应在专业医生指导下进行,并遵循医嘱做好术后护理工作,保持外阴清洁干燥,避免感染发生。