眼部扁平疣治疗后可能会留下疤痕，也可能不会留下疤痕，需要根据具体情况进行分析。
扁平疣是由人乳头瘤病毒感染引起的，主要通过直接接触或间接接触传播。眼部扁平疣一般表现为米粒至黄豆大小的扁平隆起性丘疹，表面光滑，质地较硬，颜色一般呈淡褐色或正常皮肤色。眼部扁平疣一般可以在医生指导下使用维A酸乳膏、氟尿嘧啶软膏、咪喹莫特乳膏等药物进行治疗，也可以通过冷冻、激光等物理方式进行治疗。如果患者眼部扁平疣的病情较轻，治疗后护理得当，一般不会留下疤痕。如果患者眼部扁平疣的病情较重，治疗后护理不当，可能会导致皮肤受损，从而留下疤痕。
建议患者在日常生活中注意保持良好的生活习惯，避免过度劳累，规律作息，保证充足睡眠，有助于维护身体健康，减少疾病的发生。如果出现不适症状，建议患者及时就医治疗，以免延误病情。
北京协和医院
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转移因子胶囊
用于治疗病毒性感染和自身免疫性疾病：1.皮肤病；扁平疣，带状疱疹，单纯疱疹，两周为一个疗程；银痟病，尖锐湿疣等，三个月为一个疗程；2.呼吸道疾病；反复感冒，支气管炎，哮喘，慢性支气管炎，过敏性鼻炎，流行性腮腺炎等，两周一个疗程；3.病毒性肝炎，肝硬化，流行性出血热等，三个月一个疗程；4.其他：（1）肾病综合征，类风湿性关节炎，过敏性紫癜，硬皮肤，红斑浪疮，溃疡病等，三个月一个疗程。（2）恶性肿瘤，肿瘤病人放化疗后的辅助治疗，一个月一个疗程。
五妙水仙膏
本品具有去腐生新，清热解毒的作用。主治扁平疣、各种痣、寻常疣(瘊子)、老年斑、血管瘤、汗管瘤、皮赘等皮肤疾病。
维A酸片
适用于痤疮、扁平苔藓、白斑、毛发红糠疹和面部糠疹等。可作为银屑病、鱼鳞病的辅助治疗，也可用于治疗多发性寻常疣以及角化异常类的各种皮肤病。同时用于治疗急性早幼粒细胞白血病（APL），并可作为维持治疗药物。
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