霉菌性龟头炎一般不能断根。霉菌性龟头炎是真菌感染引起的一种疾病,而真菌广泛存在于自然界中,且不易被彻底清除,所以很难断根。患者可能需要遵医嘱使用克霉唑乳膏、硝酸咪康唑乳膏等抗真菌药膏局部涂抹来治疗。建议患者在医生指导下用药,不可自行盲目用药,以免滥用抗生素导致耐药性的产生。同时还要注意个人卫生,勤换内裤,并保持患处清洁干燥。