通常情况下，经期使用黄连一般不会导致月经不干净。
黄连属于清热的中药，主要起到泻火燥湿、泻火解毒的作用，在临床上主要用于治疗湿热痞满、呕吐吞酸、心烦不寐、血热吐衄、目赤肿痛、牙痛、消渴等症状。月经不干净可能是内分泌紊乱、子宫内膜炎、子宫肌瘤等原因引起的。而黄连并没有止血的作用，因此在经期使用黄连一般不会导致月经不干净。建议患者在医生指导下使用黄连治疗疾病，避免私自用药，以免因用药不当引起不良反应。
建议患者在出现月经不干净的情况时，需要及时就医，在医生指导下根据不同的病因采取相应的治疗措施。对于内分泌紊乱的患者，可以在医生指导下使用黄体酮、地屈孕酮等药物进行调理。而对于子宫内膜炎的患者，则需要遵医嘱使用甲硝唑、左氧氟沙星等药物进行抗感染治疗。对于子宫肌瘤的患者，则需要及时就医，必要时需要通过手术的方式进行治疗。
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