房事后阴茎根部疼痛可能是由于勃起功能障碍、前列腺炎或尿道炎引起的。勃起功能障碍导致阴茎海绵体供血不足,从而引起疼痛;前列腺炎或尿道炎会引起局部炎症反应,导致阴茎根部疼痛。此外,还应考虑是否有外伤史,因为外伤可能导致软组织损伤或骨折,进而引发疼痛。患者在日常生活中应注意避免过度性生活,并注意个人卫生,以减少生殖系统感染的风险。