脑外伤三年后脑子疼可能是脑积水、脑脊液漏、颅内感染等原因导致。1、脑积水:脑积水多见于各种颅脑外伤或颅内肿瘤后,使脑脊液吸收障碍、循环障碍或分泌过多,导致心室系统进行性扩张。典型症状为头痛、下肢无力等。可以用利尿剂治疗,如甲唑胺、氢、甘露醇等。2、脑脊液漏:指由于各种原因导致颅盖、颅底骨折或缺损,导致硬脑膜、蛛网膜破裂,引发头痛。严重患者可引起脑炎和脑膜炎,需要及时治疗。3、颅内感染:各种病原体可感染脑实质、脑膜等,引起中枢神经功能障碍,导致头痛。需要在医生指导下治疗。患者要注意休息,保持饮食清淡,避免剧烈运动,禁烟禁酒。