三个月宝宝头睡扁了可以通过改变睡姿、调整喂养习惯、使用定型枕、补充维生素D、物理治疗等方式进行改善。
1、改变睡姿
如果三个月宝宝在睡觉时经常采用侧卧位，可能会导致头部扁平，出现头部左右不对称的情况。因此可以通过改变睡姿的方式进行改善，建议家长可以采用左右侧卧位交替进行，能够有效缓解不适症状。
2、调整喂养习惯
如果家长在平时不注意喂养，长时间让宝宝偏头睡觉，可能会导致头型出现改变。因此要合理调整喂养习惯，可以通过改变喂养姿势的方式进行缓解，也可以适当进行按摩，能够促进血液循环，有利于改善头型。
3、使用定型枕
由于三个月宝宝的骨骼还没有发育完善，家长可以给宝宝使用定型枕，能够有效改善头型。
4、补充维生素D
如果宝宝体内的维生素D摄入不足，可能会导致机体缺钙，从而出现头部睡扁的情况。因此家长可以在医生的指导下给宝宝使用维生素D滴剂、碳酸钙颗粒等药物进行治疗，能够起到补钙的作用，也可以适当晒太阳。
5、物理治疗
如果宝宝的头部出现了骨质增生的情况，可能会导致头型改变，出现头部扁平的情况。因此家长可以在医生的指导下给宝宝通过按摩、热敷等方式进行改善，能够促进局部血液循环，有利于症状的改善。
如果通过上述方法，宝宝的症状没有得到改善，建议家长及时带宝宝到正规医院就医，以免延误病情。
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