清浊祛毒丸的不良反应尚不明确，但部分患者使用后可能会出现恶心、腹泻等不适症状。
清浊祛毒丸属于中成药，主要是由金沙藤、大血藤、蒲公英、牡丹皮、虎杖、地黄等药材组成，具有清热解毒、利湿祛浊的功效，在临床上常用于治疗湿热下注、白浊、尿频、尿急、尿痛等症状。部分患者在使用清浊祛毒丸后可能会出现恶心、腹泻等不适症状，通常属于药物的不良反应，一般在停药后可自行缓解。但如果患者对药物成分过敏，则需要避免使用，以免出现过敏反应，例如皮肤瘙痒、红肿等。
另外，患者在服用清浊祛毒丸期间需要避免食用辛辣刺激性食物，例如辣椒、花椒或者是芥末等，以免影响药物效果，还需注意避免食用生冷食物，例如冰淇淋、西瓜等。同时患者还需注意避免在服药期间熬夜，以免影响病情恢复。
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