芎菊上清丸和牛黄上清丸的区别主要在于成分不同、适应症不同、禁忌不同、注意事项不同、药物性状不同等。患者如需用药，应经医生辨证后，遵医嘱进行治疗。
1、成分不同
芎菊上清丸主要是由川芎、菊花、薄荷、黄连、栀子、黄柏、桔梗等成分组成。而牛黄上清丸主要是由人工牛黄、薄荷、菊花、荆芥穗、白芷、栀子、黄连、黄柏、黄芩等成分组成。
2、适应症不同
芎菊上清丸具有清热解毒、祛风止痛的功效，主要用于治疗上焦内热引起的头痛、眩晕、目赤耳鸣、咽喉肿痛等症状。而牛黄上清丸具有清热泻火、散风止痛的功效，主要用于治疗热毒内盛、风火上攻所致的头痛眩晕、目赤耳鸣、咽喉肿痛等症状。
3、禁忌不同
芎菊上清丸对于孕妇以及脾胃虚寒的患者一般不建议服用，以免加重病情。而牛黄上清丸对于孕妇以及脾胃虚寒的患者一般是可以服用的，但对于孕妇以及脾胃虚寒的患者，则需要慎用，以免服用后引起不良反应，例如腹泻、腹痛等。
4、药物性状不同
芎菊上清丸为黑褐色的大蜜丸或小蜜丸;气香，味苦。牛黄上清丸为暗黄色至黄褐色的大蜜丸或小蜜丸;气香，味苦。
5、其他
芎菊上清丸可见有黑点。而牛黄上清丸可见有红点。
如果患者出现了身体不适，建议及时到医院就医，在医生指导下进行治疗，避免自行用药，以免引起不良反应。
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