性生活后阴茎根部疼痛可能是由于过度摩擦引起的局部炎症反应。性生活过程中,阴茎受到反复摩擦会导致皮肤及软组织受损,引起炎症反应,从而导致疼痛。这种疼痛通常为暂时性的,一般会在数小时内自行缓解。此外,如果患者在性生活时使用了过于粗大的避孕套或存在龟头炎等疾病,也可能导致阴茎根部疼痛。这些都需要进一步检查以确定具体原因。因此,在性生活中,男性应注意避免使用过紧、过小的避孕套,并注意个人卫生,以免引起不适症状。