3个月的宝宝有一只脚趾短可能是遗传因素、发育畸形、缺钙、外伤、小儿麻痹后遗症等原因导致的，需要根据具体的原因进行针对性的治疗。
1、遗传因素
如果父母中有一方或双方存在脚趾比较短的情况，则宝宝出现该症状的概率会比较高。如果没有其他不适，一般不需要进行特殊的治疗，家长可以通过给宝宝补充营养，促进宝宝的生长发育。
2、发育畸形
如果宝宝在胚胎时期，脚趾发育畸形，可能会出现脚趾短小的情况。如果没有其他不适，一般不需要进行特殊的治疗，如果宝宝的脚趾短小影响美观，可以在医生的指导下进行手术治疗，如拇外翻矫正术等。
3、缺钙
如果宝宝在日常生活中，没有及时补充营养，导致体内缺乏钙元素，可能会影响脚趾骨骼的生长发育，从而出现脚趾短小的现象。家长可以在医生的指导下给宝宝使用碳酸钙颗粒、葡萄糖酸钙口服溶液等药物进行治疗，同时还需要多带宝宝晒太阳，能够促进钙的吸收。
4、外伤
如果宝宝在出生时，脚趾受到外力的撞击，可能会导致脚趾骨折，从而出现脚趾短小的情况。如果宝宝的脚趾只是轻微骨折，可以通过石膏固定的方式进行治疗，如果宝宝脚趾出现严重骨折，需要通过手术切开复位内固定的方式进行治疗。
5、小儿麻痹后遗症
小儿麻痹后遗症是脊髓灰质炎病毒感染引起的，可能会导致宝宝的运动神经受损，出现肌肉萎缩、脚趾变短的情况。可以在医生的指导下使用维生素B1片、维生素B12片等药物进行治疗，也可以通过肢体功能训练的方式进行改善。
如果宝宝出现不适症状，建议及时去医院就医，以免延误病情，平时家长应多注意宝宝的卫生情况，给宝宝营造良好的生活环境。
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