注射干扰素治疗扁平疣会发痒，可能是药物刺激引起的，但也不排除是过敏、真菌感染等原因导致的，需要在明确病因后接受对症有效的治疗。
1、药物刺激
注射干扰素的药物可以起到抗病毒的作用，在用药治疗的过程中可能会对皮肤黏膜造成一定的刺激，伴随着发痒等不适的症状。这种情况一般不需要特殊治疗，可以在停止用药后自行缓解。
2、过敏
如果患者对干扰素产生过敏反应，也有可能会导致皮肤刺激的症状更加明显，甚至会伴随着皮肤红斑、皮肤肿胀等症状。建议患者可以在医生的指导下服用氯雷他定片、盐酸西替利嗪片等药物缓解症状，同时也需要避免接触过敏原。
3、真菌感染
如果皮肤受到真菌感染，在使用干扰素治疗疾病的过程中，可能会导致症状更加明显，甚至会伴随着皮肤鳞屑、皮肤增厚等症状。建议患者可以在医生的指导下使用克霉唑乳膏、硝酸咪康唑乳膏等药物改善症状。
除了上述比较常见的原因外，还有可能是细菌感染、病毒感染等多种原因引起的，需要及时就医诊断。
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用于治疗病毒性感染和自身免疫性疾病：1.皮肤病；扁平疣，带状疱疹，单纯疱疹，两周为一个疗程；银痟病，尖锐湿疣等，三个月为一个疗程；2.呼吸道疾病；反复感冒，支气管炎，哮喘，慢性支气管炎，过敏性鼻炎，流行性腮腺炎等，两周一个疗程；3.病毒性肝炎，肝硬化，流行性出血热等，三个月一个疗程；4.其他：（1）肾病综合征，类风湿性关节炎，过敏性紫癜，硬皮肤，红斑浪疮，溃疡病等，三个月一个疗程。（2）恶性肿瘤，肿瘤病人放化疗后的辅助治疗，一个月一个疗程。
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