小便时尿道酸痛，而且早上起来内裤上有黄色，可能是尿道炎、膀胱炎、肾盂肾炎等原因导致的，患者需要根据病因选择相应的治疗方法。
1、尿道炎
尿道炎是由淋球菌或非淋球菌引起的尿道炎症，主要表现为尿道刺痒、尿频、尿痛等症状。患者可在医生指导下使用头孢曲松钠、大观霉素、阿奇霉素等药物进行治疗。
2、膀胱炎
膀胱炎是由细菌感染引起的，会导致膀胱内壁充血、水肿，在尿液刺激下，可能会出现尿道酸痛的症状。患者可在医生指导下使用氧氟沙星、环丙沙星、头孢克洛等药物进行治疗。
3、肾盂肾炎
肾盂肾炎是由致病菌导致的肾盂和肾实质炎症，可能会出现发热、尿频、尿急、尿痛等症状。患者可在医生指导下使用头孢地尼、头孢克肟、阿莫西林等药物进行治疗。
此外，还可能是输尿管结石等导致的，建议患者及时就医。
贵州省第二人民医院
北京大学第三医院
上海交通大学医学院附属瑞金医院
