怀孕三十九周内检的时候疼可能是因为盆骨小导致的，也可能是阴道炎、外伤等原因导致的。
1、盆骨小
怀孕三十九周时，胎儿已经发育得比较成熟，在这个阶段内检可能会对子宫造成一定的刺激，从而引起疼痛的情况。一般属于正常的生理现象，不用进行特殊治疗，孕妇注意休息即可。
2、阴道炎
如果孕妇在怀孕三十九周时不注意个人卫生，可能会导致细菌侵入阴道，从而引起阴道炎，在内检时可能会出现疼痛等不适症状。孕妇可以在医生的指导下使用克霉唑栓、甲硝唑栓等药物进行治疗，同时要注意局部卫生，避免性生活。
3、外伤
如果孕妇在怀孕三十九周时不小心摔倒，可能会导致腹部受到撞击，从而引起外伤，在内检时可能会出现疼痛的情况。如果出现局部淤血的情况，孕妇可以在医生的指导下使用碘伏进行消毒处理，同时可以适当进行热敷，促进血液循环，缓解疼痛的症状。
除此之外，此类症状还可能与胎盘早剥、先兆临产等因素有关，如果出现明显不适，孕妇应及时到医院就诊，以免延误病情。
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