肾囊肿检查增强CT和核磁共振是两种不同的检查方式，一般无法比较哪个好，具体需要根据患者的病情来选择合适的检查方式。
增强CT是在CT平扫的基础上，通过静脉注射对比剂获取更多病灶影像特征的一种检查方法。增强CT主要用于判断病变的性质，可以发现普通CT不能显示的囊肿，也可以用于判断囊肿和周围组织的关系，还可以用于检查肾囊肿的大小、位置、形态、内部结构等。
核磁共振是在核磁共振平扫的基础上通过静脉注射对比剂获取更多病灶影像特征的一种检查方法。核磁共振主要用于判断病变的性质，可以发现普通CT不能显示的囊肿，也可以用于判断囊肿和周围组织的关系，还可以用于检查肾囊肿的大小、位置、形态、内部结构等。
综上所述，患者可以根据自身的实际情况，在医生指导下选择合适的检查方式。
