骨包囊虫病难以完全根治。这是因为该疾病是由猪带绦虫的幼虫——囊尾蚴寄生在人体骨骼中引起的,其寄生位置较为隐蔽,且治疗过程中需要长期使用抗寄生虫药物,如阿苯达唑等。虽然治疗可以缓解症状,但难以完全清除寄生虫,因此存在复发的可能性。