怀孕一般指妊娠。妊娠第39天只有孕囊没有卵黄囊，可能是检查时间过早、胎停育等因素造成的，建议根据引起的原因进行治疗。
1、检查时间过早
如果在妊娠检测时，检查时间过早，可能会导致受精卵还未着床，从而引起检查时没有发现孕囊的情况。这属于正常的生理现象，建议在妊娠40天左右进行B超检查，如果能够看到孕囊，则说明是正常的宫内妊娠。
2、胎停育
如果存在胎停育的情况，可能会导致体内的人绒毛膜分泌逐渐减少，在一定程度上也会影响到卵黄囊的生长，从而出现没有发现孕囊的现象。建议患者及时到正规医院，通过人工流产手术的方式进行终止妊娠。术后需要谨遵医嘱服用阿莫西林胶囊、头孢拉定胶囊等药物预防局部出现感染的情况。
3、其他原因
如果存在宫外孕的情况，可能会导致受精卵在子宫腔外着床发育，也会出现没有发现孕囊的情况，还会伴有腹部疼痛、阴道出血等症状。建议患者及时到正规医院，通过腹腔镜微创手术的方式进行终止妊娠。术后需要多卧床休息，避免剧烈运动。
此外，也有可能是先兆流产等原因引起的，需要及时就医治疗，以免延误病情。
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