自然流产后三个月B超检查显示黄体囊肿，可能是正常现象，也可能是炎症、内分泌紊乱、黄体囊肿、葡萄胎等原因引起的，患者需要及时就医，根据病因进行治疗。
1、正常现象
患者在自然流产后，身体的激素水平会逐渐恢复到正常的状态，此时可能会出现黄体囊肿的情况。通常属于正常的生理现象，不需要进行特殊治疗，患者注意休息，避免过度劳累，以免引起不适症状。
2、炎症
如果患者在自然流产后不注意个人卫生，可能会导致细菌侵入阴道，引起炎症反应，可能会出现上述情况。患者可以在医生指导下使用甲硝唑、替硝唑等药物进行抗感染治疗。
3、内分泌紊乱
如果患者在自然流产后长时间熬夜，可能会导致体内激素分泌紊乱，从而诱发黄体囊肿。建议患者保持良好的生活习惯，注意多休息，避免熬夜。必要时，患者也可以遵医嘱使用己烯雌酚、戊酸雌二醇等药物进行治疗。
4、黄体囊肿
如果患者在自然流产后进行性生活，可能会导致卵巢受到刺激，从而引起黄体囊肿。患者可以在医生指导下使用氨甲蝶呤、米非司酮等药物进行治疗。如果患者囊肿体积较大，则可以通过手术进行治疗。
5、葡萄胎
葡萄胎是指女性怀孕时胚胎不正常发育，胎盘绒毛滋养细胞增生，间质高度水肿，形成大小不一的水泡，水泡间相连成串，形如葡萄。患者可能会出现停经后阴道流血、腹痛等症状，通过B超检查可能会出现上述情况。患者可以通过清宫术进行治疗，也可以通过化疗的方式进行治疗，常用的药物有氟尿嘧啶注射液、注射用环磷酰胺等。
建议患者及时就医，明确具体病因后进行对症治疗，以免延误病情。
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