临床上没有明确表明小儿支原体肺炎后期咳嗽吃什么药最好的说法。一般情况下，可以遵医嘱吃阿奇霉素颗粒、头孢克肟颗粒、盐酸氨溴索口服溶液等药物进行治疗。
1.阿奇霉素颗粒：属于抗生素类的药物，具有抗菌的作用，在临床上主要用于敏感菌所引起的呼吸道感染、皮肤软组织感染等疾病。如果患者出现上述不适症状，并且确诊为支原体感染所引起，则可以在医生指导下使用该药物进行抗感染治疗。
2.头孢克肟颗粒：主要成分为头孢克肟，是一种头孢菌素类的抗生素，具有较好的杀菌作用。对于细菌感染引起的肺炎、扁桃体炎以及泌尿生殖系统感染等疾病也有很好的治疗效果。若患儿存在此类情况，也可在医生指导下服用此药控制病情进展。
3.盐酸氨溴索口服溶液：其主要成分是氨溴索，能够有效促进痰液咳出，改善咽喉部不适的症状。同时还可以稀释呼吸道内的分泌物，有利于疾病的恢复。
4.右美沙芬愈创甘油醚糖浆：这是一种常见的镇咳药物，其中含有多种止咳化痰的成分，如愈创木酚甘油醚、氢溴酸右美沙芬等。这些成分都具有较强的黏膜刺激性，可以有效地缓解因支气管痉挛而引起的剧烈咳嗽和持续性的干咳等症状。
5.其他：除上述常见药物外，还可选择川贝枇杷露、复方福尔可定口服溶液等药物治疗，通常也具有一定疗效。
需要注意的是，由于每个小孩的身体状况不同，所以用药方案也会有所差异。建议家长应带孩子去医院就诊，由医生根据具体情况制定合适的治疗方案。同时还要注意多休息，避免过度劳累，以免加重病情。
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