生殖器传染性软疣通常比较好治疗。因为该疾病是自限性疾病,而且可以通过冷冻、刮除术等方法直接去除疣体,同时还可以遵医嘱使用外用药物如水杨酸、氟尿嘧啶等进行辅助治疗,从而达到治愈的目的。如果患者免疫状态受损或存在共存疾病,则可能影响生殖器传染性软疣的治疗效果和恢复速度。在治疗生殖器传染性软疣期间,应避免过度搔抓患处以防感染扩散,并保持局部清洁干燥。