通常情况下，凌晨三点吃的避孕药一般不会不起作用。避孕药主要是通过抑制排卵、干扰受精卵着床等方式达到避孕的效果。
避孕药可以抑制排卵，从而达到避孕的目的。而女性在凌晨三点吃避孕药，一般不会抑制排卵，因此不会导致避孕失败。但需要注意的是，避孕药需要在医生指导下使用，避免盲目使用，以免引起不良反应，如恶心、呕吐、头晕等。
此外，避孕药还包括长效避孕药、短效避孕药以及紧急避孕药等。长效避孕药是指在体内代谢缓慢，药效维持时间较长，一般可以达到一个月左右。短效避孕药一般需要连续服用，以达到避孕的效果。紧急避孕药一般是在性生活后72小时内服用，可以达到避孕的效果。
如果女性没有怀孕的计划，建议在进行性生活时做好避孕措施，如使用避孕套、宫内节育器等，以免导致意外怀孕，对身体造成伤害。
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