月经不调，怀孕后做两次B超都看不到孕囊可能是检查时间过早、宫外孕、生化妊娠等原因导致的，需要根据不同原因采取相应处理。
1、检查时间过早
如果怀孕时间比较短，受精卵还没有着床，检查时可能会出现看不到孕囊的情况。这属于正常现象，一般不需要特殊处理，建议一周后再前往医院进行B超检查。
2、宫外孕
如果受精卵着床在子宫外侧，则属于宫外孕，在进行B超检查时，也会出现看不到孕囊的情况。宫外孕一旦确诊，需要立即遵医嘱进行手术治疗，比如输卵管切除术、输卵管开窗术等。
3、生化妊娠
生化妊娠是指受精卵没有着床就发生了流产现象，通常会出现阴道出血、腹痛等症状，但检查时可能会出现看不到孕囊的情况。生化妊娠一般不需要特殊处理，通常会自行排出。建议患者多注意休息，一个月内禁止性生活。
除以上原因外，还可能是先兆流产等导致的，建议患者及时就医。
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