巧克力囊肿术后打针还来月经，可能是由于残留的囊肿组织、卵巢功能还未完全恢复、内分泌紊乱等因素导致的。可通过一般治疗、口服药物、手术治疗等方式进行治疗。
1、残留的囊肿组织
巧克力囊肿是异位的子宫内膜在卵巢内生长，随着月经周期而出血，形成的陈旧性积血囊肿。如果残留的囊肿组织较小，可在医生的指导下使用甲羟孕酮片、黄体酮胶囊等药物进行治疗。如果残留的囊肿组织较大，可前往医院进行手术将囊肿组织切除。
2、卵巢功能还未完全恢复
巧克力囊肿术后，如果卵巢功能还未完全恢复，就会导致激素水平发生变化，从而引起月经来潮的情况。这属于正常的生理现象，无需进行特殊治疗，可在经期结束后观察症状。
3、内分泌紊乱
如果巧克力囊肿术后，患者不注意饮食或者是过度劳累，就会导致内分泌紊乱，从而引起月经推迟的情况。患者可配合医生口服乌鸡白凤丸、益母草颗粒等药物进行治疗，可有效的改善症状。同时应养成良好的生活习惯，避免过度劳累，以免导致病情加重。
除了以上因素，还可能是子宫内膜炎导致的。患者应前往医院就诊，在医生指导下查明原因对因治疗。
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