巧克力囊肿药物治疗一般无法消除。这是因为巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢内 ,随着月经周期不断增生、脱落,形成类似巧克力样物质的囊肿。药物治疗如口服避孕药或激素类药物,可以缓解症状,但无法改变异位内膜的生长和增生,因此无法消除囊肿。如果囊肿较大或症状严重,可能需要手术治疗。