女生16岁月经两个月没来可能是正常现象，也可能是内分泌失调、多囊卵巢综合征、卵巢功能衰退、怀孕等原因导致的，建议及时就医治疗。
1、正常现象
月经是受卵巢周期性变化而引起的子宫内膜脱落和阴道出血，一般月经周期为21~28天，平均为28天。如果女性16岁时第二性征发育还不完善，可能会导致月经不规律，属于正常的生理现象，一般不需要特殊治疗。建议患者注意保持外阴清洁卫生，勤换内裤，以免引起感染。
2、内分泌失调
如果患者平时学习压力比较大，可能会导致体内激素分泌紊乱，从而出现月经失调的情况。建议患者适当放松心情，可以多听舒缓的音乐，缓解压力。必要时，患者也可以及时就医，在医生指导下使用益母草颗粒、逍遥丸等中成药进行调理。
3、多囊卵巢综合征
多囊卵巢综合征是一种常见的代谢性疾病，可能与遗传、环境等因素有关，患者可能会出现月经失调、痤疮、多毛等症状。建议患者可以在医生指导下使用地屈孕酮片、螺内酯片等药物辅助改善。同时，患者也可以适当进食富含蛋白质的食物，如牛奶、大豆等，有助于增强抵抗力。
4、卵巢功能衰退
如果女性年龄比较大，卵巢功能可能会逐渐衰退，容易出现月经量减少、月经推迟等症状，还可能会伴随潮热盗汗、失眠等情况。建议患者可以在医生指导下使用戊酸雌二醇片、黄体酮胶囊等药物进行治疗。同时，患者也可以适当进食富含雌激素的食物，如大豆、海带等。
5、怀孕
如果女性在排卵期有性生活，没有做好避孕措施，可能会怀孕，从而导致月经不来。建议患者及时就医，可以通过妇科彩超、血HCG检查等方式明确诊断。
在日常生活中，建议患者注意饮食均衡，保证充足的睡眠时间，避免过度劳累。如果出现不适症状时，建议患者及时就医治疗。