男生身高低于同年龄、同性别健康男生第三百分位数以下算矮，可能是营养不良引起的，也可能是缺钙、生长激素缺乏症等原因导致的，可在医生的指导下通过药物治疗的方式进行改善。
1、营养不良
如果日常生活中没有养成良好的饮食习惯，导致体内营养摄入不足，就会影响骨骼的发育，从而出现身高矮小的情况。建议患者改变不良的饮食结构，多吃营养物质丰富的食物，比如鸡蛋、牛奶等。
2、缺钙
钙是骨骼发育的重要物质，如果体内缺乏钙元素，就会影响骨骼的正常发育，从而出现身高矮小的情况。可在医生的指导下服用碳酸钙片、葡萄糖酸钙口服溶液等药物进行治疗。同时还需要多吃一些含钙比较丰富的食物，比如牛奶、鸡蛋等。
3、生长激素缺乏症
生长激素缺乏症是因为生长激素分泌过少引起的，会导致身体的生长发育迟缓，还会出现身高矮小的情况。患者可在医生的指导下使用重组人生长激素注射液、人生长激素替代治疗等方式进行治疗。日常还要注意保持良好的作息习惯，避免熬夜。
除了以上原因以外，还可能是遗传、软骨发育不全等原因导致的，建议患者及时就医，避免病情加重。