怀孕36天药流一般能流干净。怀孕36天属于早期妊娠阶段,此时胚胎尚处于发育初期,体积较小,易于排出。因此,通过药物流产的方式通常能够使孕囊顺利排出,进而达到流干净的效果。怀孕36天药流是否能流干净还取决于个人子宫收缩情况以及是否存在宫腔残留等问题。如果存在宫腔残留,则可能导致流产不全,需要进一步处理。药物流产后需注意观察阴道出血量及持续时间,并定期复查以确保子宫内膜修复良好。同时,保持良好的个人卫生习惯,避免感染风险。