亚甲蓝在手术中可以起到局部造影观察窦道的情况,也可以通过注射亚甲蓝达到术后镇痛的目的 。亚甲蓝主要在于用于浅表窦道,及肛周疾病的治疗过程中,比如颈部的甲状舌骨瘘或者是腹部的其他窦道形成,需要探明窦道的走行,进行窦道的切除,肛周疾病肛瘘的走向。同时,在术后注射亚甲蓝可以暂时性地破坏皮下神经,达到临时性的术后镇痛的效果。