肛门两侧发红疼痛可能是肛周湿疹、肛周脓肿、肛瘘等原因导致的，可以通过药物或者手术进行治疗。
1、肛周湿疹
肛门周围皮肤受到摩擦或者是过敏等，会引起肛周湿疹，出现肛门两侧红肿、疼痛等症状。可以遵医嘱使用氢化可的松乳膏、糠酸莫米松乳膏等药物治疗。
2、肛周脓肿
肛周脓肿是肛腺阻塞感染形成的脓肿，会出现肛门两侧红肿、疼痛等症状。可以遵医嘱使用甲硝唑片、替硝唑片等药物治疗，还可以通过脓肿切开引流术治疗。
3、肛瘘
肛瘘是肛管直肠瘘的简称，是肛管或直肠与肛门周围皮肤相通的慢性、感染性通道，会出现肛门两侧疼痛、流脓等症状。可以遵医嘱使用高锰酸钾温水坐浴，还可以通过瘘管切开术、肛瘘切除术等手术治疗。
此外，还可能是肛周炎、肛周脓肿等原因导致的，建议及时就医治疗。
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