肛门指检后一般会疼痛2-3分钟，具体时间需要根据患者的实际情况来决定。
肛门指检是肛肠科常见的一种检查方法，主要是检查肛门以及周围组织是否存在病变。在进行肛门指检时，需要医生佩戴手套，将食指涂抹润滑剂，通过肛门周围的皮肤进行检查。在检查过程中，可能会对肛门周围的皮肤造成一定的刺激，从而出现疼痛的现象。如果患者对疼痛比较敏感，可能疼痛的时间会比较长，一般在2分钟左右。如果患者对疼痛的敏感度比较低，一般疼痛的时间会比较短，可能在3分钟左右。
如果患者出现了肛门部位的病变，可以在医生的指导下进行肛门指检。在进行肛门指检前，患者要避免进行剧烈运动，以免导致检查结果不准确。同时，患者还要注意放松心情，避免精神过度紧张，以免肛门括约肌收缩，影响检查结果。
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