甲基硫氧嘧啶最重要的不良反应是粒细胞缺乏症。因此,在服药期间应进行血常规检查。当白细胞计数低于4×109/L或中性粒细胞计数低于1.5×109/L时,应停止用药或者遵医嘱调整用药。常见不良反应有头痛、头晕、淋巴结肿大和胃肠道反应。也有皮疹、药热等过敏反应,有的皮疹可发展为剥脱性皮炎。个别患者会出现黄疸和中毒性肝炎。建议患者到内分泌科就医,通过系统的体检及相关检查,调整用药剂量。