容易跟小儿先天性睾丸发育不全混淆的疾病如下：
青春期发育延：先天性睾丸发育不全在青春期血明显升高，睾酮水平较低，而青春期发育延迟者处于未发育水平，无升高。如对本征患者在青春期后作睾丸活体组织检查，可见曲细精管玻璃样变，其睾丸间质细胞(Legdig细胞)虽有增加，但内分泌活力不足。
隐睾：为先天性阴囊内没有睾丸，它包括睾丸下降不全、睾丸异位和睾丸缺如。睾丸下降不全系指出生后睾丸未降至阴囊底部而停留在下降途中的某一部位，包括停留在腹腔内者。临床上常将睾丸下降不全称为隐睾。睾丸异位是睾丸离开正常下降途径、到达会阴部、股部、耻骨上、甚至对侧阴囊内。
睾丸发育不全的病因需要鉴别以下几种情况，第一是内分泌异常，影响了性腺的发育，造成这种睾丸发育不全。第二种情况就是遗传因素，就是染色体异常，比如本疾病，克氏综合症。第三种就是解剖因素，个别的病例由于胚胎时血液供给障碍，或者睾丸小降时发生精索扭曲所导致的睾丸发育不全，这是因为解剖因素所造成的。第四种，就是感染因素，儿童时候得腮腺炎导致的病毒性睾丸炎，可造成睾丸发育障碍。第五方面是外伤或手术创伤，有一些人因为小时候也好，青春发育期也好，成人之后，因为在睾丸这地方受到一些损伤，或者因为一些手术，结果造成的睾丸的损伤，也能造成睾丸发育不良或萎缩等等情况。
上海交通大学医学院附属瑞金医院
首都医科大学附属北京儿童医院
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