非淋菌性尿道炎潜伏期1~5周,症状与淋病相似,但程度较轻。典型的临床症状有尿道刺痒,伴轻重不等的尿急、尿痛与排尿困难,晨起排尿前尿道外口有少量浆液性分泌物,有时也可见痂膜黏封尿道外口。有些患者无任何症状,1%的男性NGU并发附睾炎、前列腺炎、精囊精索炎、Reiter综合征及直肠炎。女性衣原体感染的主要合并症为盆腔炎、前庭大腺炎、直肠炎和肛周炎。