完全切除的局限性GIST,可以依据形态学特征区分为良性、潜在恶性和恶性。诊断恶性GIST的最低标准为出现以下形态特征之一:(1)瘤细胞显著异型,肿瘤性坏死,肌层浸润,围绕血管呈古钱币样生长,核分裂像大于或等于10个/50 HPF;(2)黏膜浸润,神经浸润,脂肪浸润,血管浸润和淋巴结转移等;具有以上指征越多,其恶性程度越高。如果没有上述形态学特点,但是瘤体较大,细胞较丰富和出现少量核分裂像者,可视为潜在恶性GIST,至于瘤体积小,细胞稀疏和无异型的GIST,往往合并于消化道上皮性恶性肿瘤,可视为良性GIST,这一形态学规律与生物学行为的关系有助于指导辅助治疗和评估预后,但是还需要进一步的循证医学证据的充分支持和结合临床情况。