硝酸毛果芸香碱滴眼液也有副作用。眼睛刺痛、灼热感、结膜充血会引起睫状体痉挛、浅表性角膜炎、颞或眼周头痛和近视。眼部反应通常发生在治疗的早期,在治疗过程中消失。此外,局部给药后的全身副作用很少见,但偶尔会出现特别敏感的患者,局部常规给药后会出现流涎、出汗、胃肠道反应和支气管痉挛。