肺动脉栓塞是极其凶险严重的，这是由于各种栓子阻塞动脉而导致的急性呼吸困难，胸疼以及咯血，紧急处理包括氧疗，机械通气等，对症可以给予止痛，镇静剂，一旦确诊，应用抗凝药物，低分子肝素以及华法林，溶栓药物，包括尿激酶和链激酶，如果效果不佳可以外科介入和手术治疗，包括经静脉导管碎解和溶栓，也可以肺动脉血栓摘除术，应用药物时注意出血风险。
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