藏毛窦囊肿最有效的方法就是手术切除囊肿。急性脓肿形成时,治疗方法很简单,即在局麻下十字切开引流,切口选在波动或压痛最明显处,避开正中线。抗生素不能替代外科引流。对脓肿伴有蜂窝织炎,或患者伴有糖尿病,血管性心脏病或免疫缺陷等时,可加用抗生素治疗。